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内容

备注

第一天

组学及生物信息学概述

1、组学研究概述（基因组学、转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学及相关技术介绍）

2、实验设计及测序原理

3、生物信息学背景知识介绍

理论

Linux服务器使用入门

1、掌握Linux系统下的常用命令（重点讲解）

2、掌握Linux环境下软件的安装使用

3、了解Shell脚本的编写

实战

R语言入门

1、R语言简介

2、R语言安装及配置

3、R语言数据结构

4、R语言数据处理

5、R语言绘图

理论+

实战

第二天

转录组数据分析

1、转录组技术发展前沿动态

2、转录组应用案例及应用热点

3、常用的转录组实验设计及测序建库技术

4、转录组分析方法介绍

理论

转录组数据分析实例（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装

2、转录组数据的比对（重点讲解）

3、表达量估计和分析（重点讲解）

理论+

实战

第三天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用

2、结合实例讲解其原理、数据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

理论

基因组重测序数据分析实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读

2、数据质量控制及数据过滤

3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解）

4、寻找SNP和Indel并进行注释（重点讲解）

5、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解）

理论+

实战

第四天

microRNA测序与数据分析

1、microRNA的定义、应用和发展

2、microRNA的生物学过程

3、microRNA研究的实验设计及测序原理

4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）

5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景

6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）

7、近期文献

理论

microRNA数据分析实例（上机操作）

1、microRNA测序数据预处理（重点讲解）

2、测序数据长度分布计算

3、microRNA的预测（重点讲解）

4、microRNA碱基偏好性计算

5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）

理论+

实战

第五天

10×单细胞转录组测序数据分析原理

1、单细胞测序技术研究现状及应用

2、单细胞转录组实验设计及建库测序原理（重点介绍10× Genomics）

3、空间转录组实验设计及建库测序原理

理论

10×单细胞转录组测序数据分析流程上机操作

1、10×单细胞软件Cellranger处理测序原始数据实战

2、R包Seurat细胞分群、umap、t-sne、marker基因筛选实战

实战

蛋白结构与互作分析

1、PyMol

2、Cytoscape

实战