从20世纪90年代开始，药物设计进入新的阶段，即理性药物设计。计算机辅助药物设计（CADD）是基于各种分子模拟技术以及数理统计的方法，通过准确快速的计算蛋白质或者核酸受体的结构、小分子配体的构象、酶和抑制剂相互作用构象等，可以提高药物设计的准确性和命中率，降低研发成本，缩短研发周期。在新冠肺炎疫情抗击战中，计算机辅助药物设计也为抗病毒药物的研发贡献了关键的力量。
1、通过系统性学习，掌握CADD在理性药物设计中的应用。
2、通过十余个主题的学习，带您逐步掌握计算辅助药物设计主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子结构的获取、化合物的ADMET性质预测、蛋白结构分析、蛋白结构预测、虚拟筛选、分子对接（半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突变对蛋白结构和功能的影响、分子动力学模拟软件Amber和Gromacs的使用与分子动力学模拟结果分析。
课程通过理论结合实例讲解并自主练习，达到即学即用效果，帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术，助力学术研究。
主办单位：北京市计算中心有限公司
举 办 地：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
课程安排：2024年7月24-27日（周三-周六） 上9:30-11:30 下13:30-17:00
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日期 |
主题 |
内容 |
备注 |
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第一天 |
CADD理论与分子动力学模拟概述 |
1. 计算机辅助药物设计的概念以及方法概述 2. 计算机辅助药物设计经典论文讲解 3. 生物分子相互作用研究方法概述 4. 计算生物学概述 5. 分子动力学简介 5.1 分子力场的介绍 5.2 分子力场的原理 5.3 分子力场的分类及应用 6. 挑选最新论文，进行论文思路阐述 |
理论 |
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软件安装 |
7. 分子模拟软件安装 |
实践 |
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药物设计中的量子力学概述 |
8. 量子力学简介 9. 量子力学与化学键的本质 10. 化学键的模拟方法及常用软件 11. 示例 |
理论 |
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分子结构数据库介绍 |
12. Uniprot数据库介绍 13. PDB：蛋白结构数据库介绍 13.1 PDB蛋白质数据库的介绍 13.2 PDB蛋白质数据可获取的资源 13.3 蛋白的结构类型、数据解读及下载 14. Pubchem：化学小分子结构获取 14.1 Pubchem数据库简介 14.2 Pubchem数据库小分子结构查询 14.3 Pubchem数据库批量下载方法介绍 15. Drugbank数据库介绍 16. ZINC：虚拟筛选小分子数据库介绍与应用 16.1 ZINC数据库介绍 16.2 ZINC数据库小分子批量下载方法介绍 17. 候选化合物ADMET性质预测 |
理论+ 操作 |
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第二天 |
分子结构可视化软件简介 |
18. PyMOL分子结构可视化软件介绍 19. Chemoffice软件安装与介绍 |
理论+ 操作 |
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蛋白质和小分子对接实战 |
20. Autodock软件原理及功能介绍 20.1 小分子配体结构处理 20.2 蛋白受体结构优化和处理 20.2.1 蛋白质结构文件可视化 20.2.2 蛋白质结构文件详解 20.2.3 蛋白质结构文件原子坐标解读 20.3 蛋白受体格点计算 21. Autodock vina软件原理及功能介绍 22. 分子对接和对接结果分析 22.1 半柔性对接计算 22.2 对接结果分析 22.3 最优对接构象的选择 23. DS软件分析对接结果分析 24. 实例讲解与练习：HIV-对接 |
理论+ 操作 |
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虚拟筛选演示与实战 |
25. Linux基础 25.1 Linux服务器连接 25.2 数据传输 25.3 Linux常用命令 26. 基于高性能计算集群的药物虚拟筛选 27. 高性能计算虚拟筛选操作演示 28. 虚拟筛选结果分析 |
理论+ 操作 |
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第三天 |
蛋白质结构预测原理及软件实战 |
29. 核酸二级结构和三级结构预测 30. AlohaFold Protein Structure Database介绍 31. 同源建模原理介绍 32. Swiss-model：在线同源建模 32.1同源蛋白的搜索 32.2蛋白序列比对 32.3蛋白模板选择 32.4蛋白模型构建 32.5蛋白模型评价 32.6蛋白模型优化 33. I-TASSER：蛋白质结构预测 34. Rosetta：蛋白质结构预测 |
理论+ 操作 |
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生物大分子对接实战 |
35. 大分子对接原理及应用介绍 36. z-dock软件介绍与使用 37. Rosetta软件介绍与使用 38. 其他生物大分子对接在线工具的介绍与使用 39. 蛋白-蛋白对接结果分析与解读 |
理论+ 操作 |
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分子结构可视化软件SCI绘图实战 |
40. PyMOL软件高质量论文绘图实操 40.1 蛋白-多肽相互作用分析图解 40.2 蛋白-小分子相互作用分析图解 40.3 蛋白-蛋白相互作用分析图解 41. PyMOL动画制作 |
理论+ 操作 |
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第四天 |
蛋白氨基酸突变对蛋白的影响 |
42. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可视化 43. 氨基酸突变对蛋白质结构的影响分析 |
理论+ 操作 |
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分子动力学模拟原理及软件实战 |
44. 模拟体系的构建方法介绍 45. Amber：结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练 46. Gromacs：结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练 47. 分子动力学计算与结果分析 47.1 结合自由能的计算分析 47.2 轨迹文件常见分析：RMSD、RMSF、回旋半径等 |
理论+ 操作 |
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生物分子结构可视化软件介绍与使用 |
48. VMD：结构可视化软件操作演练 49. VMD查看分子动力学模拟结果 50. VMD作图实例讲解与练习 |
理论+ 操作 |
注：内容以实际发生为准；若调，会提前通知。
部分案列图示：
报班福利：
1、报名缴费后提供课前预习资料包；
2、进入预习群，由上课老师亲自解答预习期间遇到的问题。
预习资料包：
1、动力学模拟文件夹
2、分子对接文件夹
3、分子动力学模拟技术文档
4、分子对接技术文档
携带电脑：各位学员听课请自备笔记本电脑（Windows 64位系统，推荐win10及win11）；若只能携带苹果电脑，请提前自行安装好所需软件。
【报名费用】
注册费：5600元/人（含当期听课费、资料费、证书费、考试费（如有））。
提供当期视频回放以供复习使用（羽林学院平台）。
开具增值税发票，提供盖章通知、结业证书等相关材料。
【报名优惠政策】
1、3人以上团体报名每人可减少300元；
2、4+1团报，可免费赠送一个名额；
3、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种；
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
【报名回执】
【咨询请联系】
QQ号：2814500767
徐老师 010-59341786，15801436028（微信同号）
员老师 010-59341773，18701529461（微信同号）
【注】开课前一周会发送邮件通知；若未接到邮件通知，请电话咨询。
